在我国农村，房屋转让问题一直备受关注。特别是当遇到农村房屋不能转让的情况时，很多人会疑惑：已经签订的协议还有效吗？为了解答这一问题，我们需要从法律的角度进行深入探讨。

首先，要明确的是，农村房屋的转让受到法律的严格限制。根据《民法典》的相关规定，农村宅基地的使用权是有限制的，它只能在本村集体经济组织内部成员之间转让。这意味着，如果农村房屋转让给了非本村集体经济组织的成员，那么这种转让行为在法律上可能是无效的。

然而，这并不意味着已经签订的房屋转让协议就完全失去了法律效力。如果协议是双方自愿、平等、协商一致的结果，并且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议在法律上仍然是有效的。只不过，由于转让行为本身可能无效，所以协议中的房屋转让条款可能无法履行。

在这种情况下，买方可以要求卖方承担违约责任。如果协议中明确约定了违约责任的处理方式，那么就按照约定的方式处理；如果没有约定，那么买方可以要求卖方采取补救措施，或者赔偿因无法履行协议而造成的损失。

值得注意的是，即使农村房屋转让行为无效，但协议中的其他条款，如双方的权利义务、争议解决方式等，仍然可能是有效的。这些条款的效力并不受房屋转让行为无效的影响。

此外，对于农村房屋转让协议的有效性，还需要考虑一些特殊情况。例如，如果卖方在签订协议时故意隐瞒了房屋无法转让的事实，或者通过欺诈、胁迫等手段迫使买方签订协议，那么这种协议在法律上可能是无效的。

综上所述，农村房屋不能转让时，已经签订的协议是否有效取决于多种因素。在处理这类问题时，建议咨询专业的法律人士，以确保自己的权益得到最大程度的保障。
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